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Plongé dans la tristesse Alors qu'il travaille sur les maladies du ver à soie à Alès en 1865, une dépêche l'appelle d'urgence auprès de son père malade à Arbois. Le souvenir de sa mère emportée subitement et de sa fille ainée Jeanne, décédée en 1859 d'une fièvre typhoïde, le hante. Mais il n'arrive que pour ensevelir le cercueil de son père au cimetière d'Arbois le 15 juin 1865. Le soir, il écrit « Ma chère Marie, mes chers enfants, le pauvre grand‑père n'est plus et nous l avons conduit ce matin d sa dernière demeure. Il est aux pieds de la pauvre Jeanne. Au milieu de ma douleur, j'ai été heureux de la bonne pensée de Virginie qui' lavait fait placer là et î espère qu'un jour je pourrai les réunir à la tendre mère et à mes sœurs jusqu 'au moment où j'irai moi-même les rejoindre (. . .) ». Le malheur accable Pasteur. Il perd sa fille Camille, en septembre 1865, puis Cécile le 23 mai de l'année suivante, comme l'écrit le gendre de Pasteur, René Vallery Radot : « dans le cimetière d'Arbois, Pasteur connut là le fond de la douleur ». Le 19 Octobre 1868, Pasteur est atteint d'une crise d'hémiplégie gauche. Croyant sa fin proche il déclare : « j e regrette de mourir, J'aurais voulu rendre plus de services à mon pays ». Certes, Pasteur se rétablit mais il conservera des séquelles toute sa vie, bras contracturé, jambe raide. Pendant la guerre de 1870, inutile à Paris, le savant se réfugie dans le Jura. C'est d'Arbois, le 18 janvier 1871, que, poussé par ses sentiments patriotiques, il renvoie outre-Rhin son diplôme décerné par la Faculté de Médecine de Bonn.